中國電子檢驗檢疫主干系統(簡稱“主干系統”)自2016年4月20日試點上線，經過8個多月試運行，于2017年1月1日轉入正式運行，標志著全國檢驗檢疫業務全面實現“集中統一、互聯互通”。
質檢總局此前發出通知，要求全國各直屬檢驗檢疫局加強應用管理，全面使用主干系統辦理業務。由此，曾為檢驗檢疫業務管理立下汗馬功勞的CIQ2000系統將退居備用系統位置，逐步走向“退役”、淡出檢驗檢疫歷史舞臺。
“以前要進行數據統計和分析，需要各直屬局每日、每周或某個時間周期層層上報、匯總。現在，我們能實時獲取信息，進行統計、分析和決策。2017年我們要做到數據統計的全面、準確、及時，使質檢決策科學化水平將進一步提高。”質檢總局通關業務司司長山巍介紹道。
現在，如果想調取檢驗檢疫業務數據，在全國任意地點登錄，電腦屏幕上便可顯現諸如出入境貨物總的和當日的報檢批次、貨值、通關批次、查驗批次等數據信息;同樣可以查看我國同某些特定區域國家或某個國家和地區貿易等的業務分布情況。作為把關成效的體現，也可以實時監控到全系統入境不合格的檢出情況;作為大通關建設的一項重要內容，還可對入境貨物通關時效進行監控。
主干系統是在原有CIQ2000等系統的基礎上，打造的新一代檢驗檢疫業務核心管理系統。它依托國家部委第一個最先進的“雙活”數據中心的主干系統，首次實現檢驗檢疫數據大集中、應用大集中、業務大集中管理，成為“互聯網+質檢”時代提升質量安全監管水平的尖兵利器。
CIQ2000系統曾在檢驗檢疫業務運作和管理中發揮巨大作用，但隨著形勢發展，其數據分散、功能單一、部署方式落后、應用整合不足、業務碎片化等問題日益凸顯。為全面提升管理能效、落實國務院“放管服”要求，質檢總局將上線運行主干系統確定為質檢重大改革項目和2016年重點工作任務，并歷時6個月多月，于2016年10月28日全面完成主干系統在全國35個直屬檢驗檢疫局及其868個分支機構的試點上線。主干系統建設規模之大、參建人數之多、技術復雜程度之高，都創造了質檢信息化建設之最，并入選2016“質量之光”年度質量事件。
主干系統對質檢事業改革發展正帶來深遠影響。實現了全國檢驗檢疫監管指令統一、執行標準統一、實施時間統一、執法尺度統一、業務流程統一，確保全國“一盤棋”，強化了質檢系統垂管優勢。搭建了對內對外互聯互通平臺，企業辦理檢驗檢疫業務“一號到底”，口岸、內地共享和互認執法監管信息，免除企業兩次申報，促進了“通報、通檢、通放”，實現全國檢驗檢疫一體化。開放了公開標準接口和數據規范，推進與相關部門的信息交互、數據共享，為國際貿易“單一窗口”和“三互”大通關建設，以及對外交流合作，提供了平臺支撐。可實時采集檢驗檢疫業務信息，為業務分析、質檢決策、風險管理、事中事后監管等提供大數據支撐。通過對接中國電子檢驗檢疫網上申報系統，為企業提供免費申報服務;通過對接無紙化系統，實施檢驗檢疫全程無紙化，做到“讓信息多跑路，讓群眾少跑腿”。
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